水豚是食草动物，主要食物包括草和水生植物，偶尔也食用树皮和水果。
水豚既能独居也能群居，视栖息地和狩猎压力而定。 大多数水豚群居，群体中包括2至4只成年雄性、4至7只成年雌性及幼崽。群体有明显的等级制度，头领雄性通常是群体中体重最大的。头领享有最佳资源，同时也需保护其他成员，在遇到危险时会发出类似狗吠的声音提醒群体。在进食高峰期，会有一只雌性水豚担任“保姆”照顾幼崽，其余成年水豚觅食。
水豚的皮毛具有较好的防水性，趾间有用于划水的蹼，耳朵还能在潜水时自动闭合。这些自带的“豪华游泳装备”，让水豚能在水中“来去自如”，甚至憋气潜水5分钟之久。有趣的是，水豚的耳朵、眼睛和鼻子都位于头部上方。它们常常利用这一生理特征，只把头顶露出水面，泡在水里“暗中观察”。
